Отменить запись в ЕГРЮЛ можно только через суд
Признать недействительными ранее внесенные в Госреестр изменения лишь на основании поданного в ИФНС заявления не получится.
Источник: Определение ВС РФ от 21.07.2015 №305-КГ15-7657
Ведь действующим законодательством не предусмотрено восстановление и удаление старых записей - возможно только их замена при представлении документов, необходимых для проведения регистрационных действий. А для аннулирования записи в ЕГРЮЛ необходимо признание незаконным решения ИФНС о внесении этой записи (даже если по факту налоговики ничего не нарушили), а сделать это возможно лишь в судебном порядке.
Поэтому не стоит тратить время на оспаривание бездействия налоговиков, выразившееся в отказе удалить запись из Реестра.

 С текстом документа можно ознакомиться здесь.